اين مسجد در حدود ۱۰ كيلومتری مدينه منوّره واقع شده و ميقات كسانی است كه از مدینه به سوی بيت الله الحرام می روند. آن را ذوالحليفة يا ابيار علی هم می نامند.  علت نامگذاری این مسجد به شجره (الشجرة)، وجود درختی بنام سَمُرة در كنار مسجد بوده است. رسول خدا (صلى الله عليه و آله) در زير سايه آن درخت نماز می خواندند و  سپس محرم می شدند. بنا بر برخی روایت ۱ در اين مكان درختى به نبوت و پيامبری رسول خدا (صلى الله عليه و آله)  شهادت داد.     

پيامبر اکرم (صلى الله عليه و آله) در چند نوبت در اين محل محرم شدند و ائمه اطهار (علیهم السلام) نيز در اين مکان، احرام می بستند. از امام صادق (عليه السلام) سؤال شد که چرا رسول خدا (صلى الله عليه و آله) در ميان ميقات ها، عنايت و توجه بیشتری به مسجد شجره داشتند و از آنجا محرم  می شدند؟ امام صادق (عليه السلام) فرمودند: وقتي رسول خدا (صلى الله عليه و آله) به معراج رفت و به سوی آسمان ها سير داده شد، آنگاه كه برابر مسجد شجره رسيد، فرياد برآمد « يا محمّد »  رسول خدا (صلى الله عليه و آله) جواب داد: « لبّيك » سپس به او گفته شد: « آيا تو يتيمی نبودی كه پناهت داديم و آنگاه كه تو را بر سر دو راهی يافتيم، هدايتت كرديم »  پيامبر اکرم (صلى الله عليه و آله)  وقتی اين كلمات را شنيدند، فرمودند:  « إن الحمد و النعمة لك و الملك، لاشريك لك ».   به همين جهت رسول خدا (صلى الله عليه و آله) از مسجد شجره محرم می شدند. ٢   

این منطقه به ابیار علی معروف است. ابیار علی در فاصله ۴۰۰ متری مسجد شجره قرار دارد و محلی است که حضرت علی )علیه السلام( در آنجا ۲۴ حلقه چاه (برای آبیاری نخلستان ها و مردم مدینه) حفر کردند که هنوز هم مورد استفاده است. (ابیار اسم جمع بئر، یعنی چاه است)

مسجد مذكور بسيار محقر و كوچك بود، اما با تغییرات جدید (از ۱۳۶۶ به بعد) بر مساحت مسجد افزوده ‏شد. مساحت کنونی مسجد حدود ۲۶۰۰۰ متر مربع مى‏باشد. مسجدی که مثل زائران لباس سپید بر تن کرده و درختانی که فضای مسجد را حالتی لطیف بخشیده اند. فضای بسیار دل انگیز و زیبایی که طنین خوش آهنگ لبیک هزاران زائر بیت الله الحرام از هر گوشه آن شنیده می شود. سپیدجامگانی که دعوت خداوند را لبیک گفته و آماده می شوند همقدم با فرشتگان الهی، قدم در قطعه ای از بهشت بگذارند.

  تصاویر از www.hajj.ir